La terminal de Lezo posibilitará dinamizar el uso del puerto de Pasaia, permitiendo que las mercancías que lleguen por mar, se trasladen al tren o viceversa. Conectará con la Y Vasca, cubriendo las funciones logísticas y las operaciones ferro-portuarias transfronterizas que darán soporte a la industria de Gipuzkoa y alrededores. Esta terminal intermodal permitirá liberar progresivamente de tráfico pesado el resto del perímetro urbano de la Bahía de Pasaia. La terminal de Lezo dispondrá para ello de los tres anchos de vía: UIC o estándar, Ibérico y Métrico.
El Departamento de Desarrollo Económico e Infraestructuras del Gobierno Vasco y el Ministerio de Fomento firmarán un protocolo de colaboración con el objetivo de desarrollar la terminal intermodal y logística de Lezo. El protocolo ya tiene el visto bueno vasco y ahora queda pendiente la ratificación por parte estatal. La cooperación entre ambas instituciones es necesaria para llevar a cabo el proyecto de la terminal intermodal y logística que se inserta en el Corredor Atlántico, uno de los ejes principales de transporte de viajeros y mercancías de la Unión Europea.
Lezo, interés prioritario
Según el protocolo de colaboración, el Departamento de Desarrollo Económico e Infraestructuras del Gobierno Vasco formulará y tramitará, de acuerdo a su normativa y como promotor de la misma, el Estudio Informativo y los Proyectos Constructivos de la terminal intermodal y logística de Lezo, junto con la realización de los proyectos y estudios necesarios para ello y todo ello contando con el acuerdo del Ministerio de Fomento.
La construcción de la terminal de Lezo se enmarca también en el cumplimiento de las Directrices de Ordenación Territorial del País Vasco que, entre otros objetivos, pretenden potenciar el ferrocarril como medio para el transporte de mercancías y adecuar las terminales intermodales y logísticas para una distribución eficaz de las mercancías.

Por su parte, la planificación territorial de la Comunidad Autónoma del País Vasco recoge en el Plan Territorial Parcial del Área Funcional de Donostia / San Sebastián (Donostialdea-Bajo Bidasoa), aprobado definitivamente por el decreto 121/2016 de 27 de julio 2016, la terminal logística de Lezo como de interés prioritario.
Reparto de competencias
Cabe recordar que el Gobierno Vasco tiene competencias exclusivas en materia de obras públicas de interés comunitario, en ferrocarriles y transportes terrestres que transcurran por el territorio de Euskadi, así como las competencias de ordenación del territorio y urbanismo.
El Ministerio de Fomento, por su parte, recoge entre sus propuestas de actuación del Plan de Infraestructuras, Transporte y Vivienda (PITVI) el establecimiento de una Red de Infraestructuras Nodales que integren plenamente el ferrocarril en la cadena logística. Una de esas infraestructuras es la terminal intermodal y logística de Lezo.